Основан в XIV веке. Место для монастыря выбрано и благословлено прп. Сергием Радонежским. При этом он сказал «Прозрит Бог и Пресвятая Богородица на место сие, а страстотерпцы Борисе и Глебе в помощь вам да будут». Существующее здание Борисоглебского собора построено в 1522-1526 годах. В нем под спудом почивают мощи местночтимых святых Федора и Павла (память 4 ноября), основателей обители, а в Ильинском приделе также под спудом находятся мощи прп. Иринарха Затворника – святого, прославившего эту обитель (память 26 января). Прп. Иринарх возродил такой древний вид подвижничества, как затвор. Живя в маленькой, тесной келье, он приковал себя в ней цепью и возложил на себя вериги – «праведные труды», как их называли, постепенно увеличивая их количество и тяжесть. Из кельи он выходил только в храм, но при этом нес за собой все свои «труды» и читал особое молитвенное правило, так что небольшое расстояние от кельи до храма проходил за ночь.
Неся немыслимые для обычного человеческого сознания подвиги, прп. Иринарх, кроме того, сыграл важную роль в истории нашей страны. Как в свое время Русская Церковь в лице прп. Сергия Радонежского благословила князя Димитрия Донского на освобождение страны от татар, так она же в лице св. патриарха Гермогена (память 2 марта и 25 мая), прп. Дионисия, архимандрита Троице-Сергиевой лавры (память 25 мая), и прп. Иринарха Затворника призвала русских людей в Смутное время постоять за веру и Отечество. Тогда по всей Руси расползлись шайки поляков, а страной правили бояре-изменники, готовые присягнуть на верность польскому королю, так что под вопросом находилось само существование Русского государства. В 1612 году в Ярославле было собрано народное ополчение под предводительством К. Минина и князя Д. Пожарского. Это было уже второе ополчение, шедшее освобождать Москву. Но оно никак не решалось двинуться в поход, так как было известно об измене в рядах первого ополчения, потерпевшего поражение. Тогда прп. Иринарх посылает князю Пожарскому просфору и свое благословение, чтобы рать без страха шла освобождать столицу. По дороге Минин и Пожарский посетили преподобного лично. Он благословил их и дал в напутствие один из своих крестов. 22 октября (4 ноября) 1612 года Москва была освобождена от захватчиков. С тех пор в этот день празднуется память Казанской иконы Богородицы, с которой ополчение шло на Москву. Этот же день мы теперь отмечаем как День примирения и согласия.